Разработку пистолета Р99 фирма Carl Walther Sportwaffen GmbH начала в 1994 году. Основной задачей было создать современный пистолет для полиции и самообороны, способный достигнуть большего коммерческого успеха, нежели его предшественник - Вальтер Р88, который, невзирая на великолепные характеристики, оказался слишком дорог. Создание Р99 было завершено к 1996 году, и результат оказался вполне удачен. Он имеет отличную эргономику, вполне надежен, и выпускается в нескольких вариантах, отличающихся особенностями работы УСМ. С 1999 года все варианты пистолетов серии Р99 также выпускаются и в калибре .40SW.
В 2004 году семейство пистолетов Walther Р99 претерпело некоторые изменения - слегка изменилась форма спусковой скобы и расположение насечек на затворе, кроме того поменялась маркировка моделей, в частности вариант P990 переименовали в P99 DAO. Кроме того, в модельный ряд добавились компактные варианты с укороченными стволом и рукояткой.

Пистолет Walther Р99 построен по схеме с использованием энергии отдачи при коротком ходе ствола. Запирание осуществляется по модифицированной схеме Браунинга, где ствол снижается, взаимодействуя фигурным вырезом под казенной частью с неподвижным штифтом в рамке. Сцепление с затвором осуществляется через окно для выброса гильз. Ударно-спусковой механизм ударниковый, двойного действия, с устройством безопасного спуска ударника с боевого взвода. Также выпускается модификация Р99QA (Quick Action), в которой ударник всегда находится в частично взведенном состоянии и довзводится при каждом нажатии спускового крючка (отчасти аналогично пистолетам фирмы Glock). Такая схема обеспечивает постоянство усилия спуска для всех выстрелов. Модификация Р990 / P99 DAO имеет УСМ только двойного действия, где боевая пружина для каждого выстрела взводится только мускульной силой стрелка. Усилие срабатывания УСМ у пистолета Р99 при стрельбе с предварительно взведенным ударником – порядка 2.5 кгс, при стрельбе самовзводом – порядка 4 – 4.5 кгс, у Р99QA – порядка 3.8 кгс при меньшем, чем у Р990, рабочем ходе спускового крючка.
Внешних неавтоматических предохранителей пистолет не имеет, вместо них на Р99 имеется кнопка безопасного снятия ударника с боевого взвода, которая находится сверху в задней части затвора. Пистолет Р99 QA имеет кнопку значительно меньших размеров, так как она предназначена для полной разгрузки боевой пружины только при разборке оружия. Р99 DAO кнопки на затворе вообще не имеет. Кроме того, имеются три автоматических предохранителя - блокировка ударника при ненажатом спусковом крючке, блокировка ударника при недозакрытом затворе и автоматический предохранитель на спусковом крючке. Дополнительно имеются указатель наличия патрона в патроннике, роль которого выполняет наружный выбрасыватель, и индикатор взведения ударника (при взведении хвостовик ударника на несколько миллиметров выступает из заднего торца затвора).
Рамка пистолета выполнена из полимерных материалов и имеет черный или темно-зеленый (в варианте "military") цвет. Характерная особенность Р99 - задняя часть рукоятки съемная, и в комплекте с пистолетом поставляются 3 взаимозаменяемых задних части разного размера - для подгонки под руку каждого конкретного стрелка. На передней части рамки под стволом в выполнены направляющие для крепления лазерного целеуказателя или фонаря. Пистолет по заказу соответствующих организаций также может комплектоваться специальным удлиненным стволом с резьбой в дульной части, позволяющей устанавливать фирменный глушитель.